2008年，《西安交通大学学报》自然版在获得教育部“中国高校精品科技期刊”之后，又入选“百种中国杰出学术期刊”，这是学报自然版连续第三年获此殊荣。

“百种中国杰出学术期刊”是中国科学技术信息研究所依据影响因子、引文频次和他引比等期刊学术影响评价指标加权计算并结合专家评价的方式，在中国主办的5000余种学术期刊包括中国科学和各行业学会主办的专业学术期刊中遴选产生的。

另外，科技部委托中国科学技术信息研究所遴选的300种国际化精品科技期刊和中国精品科技期刊中，《西安交通大学学报》自然版被选入“中国精品科技期刊”。