《西安交通大学学报》获得“首届中国高校精品科技期刊”奖经教育部科学技术司组织专家评审，“首届中国高校精品.优秀.特色科技期刊”及“2006年高校科技期刊优秀编辑工作者、优秀编辑学论著”评比活动，评出精品科技期刊52种，优秀科技期刊98种，特色科技期刊100种，优秀编辑工作者149名，优秀编辑学论著100篇（本）。

2006年11月14日，教育部科学技术司专门发文表彰（教技司【2006】290号），希望各期刊主办单位认真总结获奖期刊的办刊经验，对获奖期刊编辑出版部门予以表彰和奖励，为期刊的进一步发展提供更加有效的支持。

在全国高校主办的科技期刊中，我校有5种科技期刊获奖，3人获得表彰。其中《西安交通大学学报》自然科学版荣获“中国高校精品科技期刊”奖，《中国皮肤性病学杂志》、《中国儿童保健杂志》和《中国有线电视》获得“中国高校优秀科技期刊”奖，《现代泌尿外科》杂志获得“中国高校特色科技期刊”奖。杜秀杰、刘杨获得2006年高校科技期刊优秀编辑工作者称号，葛赵青、荆树蓉、胡爱玲的论文获得“2006年高校科技期刊优秀编辑学论著”奖。